这份周密的安排并没派上用场，因为还没等排查到藤原文太，异能特务科先被更重要的事情绊住了脚——许多势力派人进入横滨，其原因不明。查清这些人的来历和来横滨的目的，远比搜寻人偶师一行要重要得多。
先前福泽谕吉被叫去商讨的时候，异能特务科还只是发现若干外来的小型组织，通知武装侦探社与港口黑手党准备应对。而后来随着调查的深入，更多实力强大，隐藏的更深，连具体派遣人数身份都查不出的势力被发现，异能特务科也不得不绷紧神经，集中全部精力排查起横滨内部。
而起初从个别情报贩子传起，到有些门路的人都收到消息时，异能特务科才知道吸引了这些势力前来横滨的，是据说会在下个月一场秘密拍卖会上亮相的贤者之石。
在流传的资料中，有着这块血红色晶体将接触到的金属化作黄金的视频，也有数人目击浸没过晶体达一定时间的河水可以治愈伤口与疾病，这都与贤者之石的传说吻合。而无论是点石成金，还是长生不死，以及贤者之石在炼金术上更深远的意义，都对人类和非人类有着极大吸引力。
闻讯而来的黑衣组织志在必得，派出琴酒、贝尔摩德、波本等主力人员，并牵动了公安、FBI、CIA等组织做出应对的部署。山本五郎左卫门因传闻贤者之石可以对妖怪起到类似四魂之玉的作用，暂缓针对奴良组的行动，率百物语组潜入横滨，而奴良组尾随其后。
因此被【乱步】打发走，说在东京范围内只要不搞事随便玩的【太宰治】去奴良家观赏妖怪只看到被留下来看家的三瓜两枣，围观死神小学生探案，也因柯南等人关注于黑衣组织的不寻常动向，减少了日常的侦探行为，而并没遇上过现场。
调查发现这一切还是自己导致的后，【太宰治】遗憾的在毛利事务所、工藤家等地拍照留念，因年龄问题也没引起任何人警惕，然后又去了多亏【江户川乱步】才建起的断缘神社看神器、神主和巫女人选的稀奇。
宫水三叶的话很好套，【太宰】发现她还未与立花泷重逢便失去了兴趣，而言峰绮礼尽管未曾担任代行者，以普通神职人员的路线成长，也没结婚、从中觉察到自己感情方面的异常，有如一块尚未打磨的原石，而【太宰治】并不介意代替吉尔伽美什来启发他。
经过一番愉快的交谈，言峰绮礼若有所思，而太宰治绕了一圈发现夜斗以及他的神器全都不在神社里，又不想破财，便在行程计划单上的这一项打了个叉，往下个剧情观光点去了。
他所没找到的夜斗此刻同样身处横滨，正在寻找据说在附近出现过的‘父亲’和绯，无论是‘父亲’作为术师的身份，其一贯以来恶劣残忍的行事作风，还是两人之间的关系，都让夜斗很难对此事置之不理。